Biurem Bezpieczeństwa Narodowego kieruje Sekretarz Stanu wyznaczony przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej (art. 11 ust. 3 Ustawy z dnia 21 listopada 1967 r. o powszechnym obowiązku obrony Rzeczypospolitej Polskiej - (tj. Dz. U. Z 2004 r. Nr 241, poz. 2416 z pózn.zm).

Prezydent RP określił kompetencje Szefa BBN w zakresie kierowania Biurem w Regulaminie Biura Bezpieczeństwa Narodowego - załączniku do Zarządzenia Nr 2 Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 11 sierpnia 2010 r.w sprawie organizacji oraz zakresu działania Biura Bezpieczeństwa Narodowego.

Zgodnie z postanowieniami Regulaminu BBN, Szef BBN w szczególności:

kieruje Biurem

• wydaje zarządzenia, decyzje i polecenia,
• wnioskuje do Prezydenta RP o powołanie lub odwołanie Zastępcy Szefa,
• ustala strukturę komórek organizacyjnych Biura, tryb pracy Biura oraz szczegółową organizację wewnętrzną i szczegółowy zakres zadań komórek organizacyjnych,
• powołuje dyrektorów,
• może powoływać zastępców dyrektorów, doradców, zespoły o charakterze stałym lub doraźnym do realizacji określonych zadań,
• może upoważnić podległych pracowników do podejmowania w jego imieniu decyzji lub wykonywania czynności w określonych sprawach.
   

reprezentuje Biuro

może też upoważnić do reprezentowania Biura inne osoby niż on sam lub jego Zastępca.

Szef BBN został powołany przez Prezydenta RP w skład Rady Bezpieczeństwa Narodowego.

Szef BBN jest członkiem Kolegium do Spraw Służb Specjalnych (art. 12 ust. 2 Ustawy z dnia 24 maja 2002 r.o Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego oraz Agencji Wywiadu – Dz. U. Nr 74, poz. 676 ze zm.) Zadania Kolegium zostały określone w Ustawie o Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego oraz Agencji Wywiadu.

Szefem BBN jest prof. dr hab. Stanisław Koziej.